Em 16 de dezembro de 1992 a Lei Distrital n.º 385 autorizou a implantação do bairro Águas Claras na região administrativa de Taguatinga e aprovou o respectivo plano de ocupação. Projetada pelo arquiteto e urbanista Paulo Zimbres, Águas Claras começou a ser construída logo após sua criação.
Em 06 de maio de 2003 por meio da Lei Distrital n.º 3153 Águas Claras foi desmembrada de Taguatinga e passou a ter administração própria, tornando-se região administrativa. Este fato ocorre 10 anos após as primeiras construções do antigo bairro.